Ha sido considerado tradicionalmente como el patrono del sigilo sacramental de la confesión, así como el patrono de la fama y el buen nombre. También es patrono de Bohemia y Moravia y de la ciudad de Praga.

En torno a San Juan Nepomuceno se ha creado un halo de leyenda, que todavía persiste. Parece ser que un teólogo precursor del protestantismo, llamado Jan Huss, que había hecho mucho proselitismo en la universidad de Praga, negaba la necesidad de la confesión y la obediencia al Papa y para contrarrestar su influencia y la de sus seguidores, los husitas. Juan Nepomuceno fue presentado como mártir defensor del secreto de la confesión, contribuyendo también a ello el hecho de que su lengua se conservara incorrupta. Jan Huss sería condenado en el Concilio de Constanza y acabaría muriendo en la hoguera.

Parece ser que la leyenda sobre San Juan Nepomuceno fue muy difundida por el jesuita checo Balbín, fallecido en Praga en 1688, quien vio en la historia de San Juan Nepomuceno una oportunidad para contrarrestar el ambiente contrario a la confesión, creado por los husitas, escribiendo él mismo una historia de San Juan Nepomuceno basada en la leyenda, que se difundió rápidamente por varios países, pero según estudios posteriores hoy ha quedado muy cuestionada.

La diócesis de Praga estaba regida, en el siglo XIV por Juan Jenstein, hombre doctísimo y de vida intachable. Junto a él encontramos a Juan Nepomuceno, nacido en la localidad checa de Nepomuk (de ahí le viene el nombre) alrededor de 1345. Ya en 1370 era Notario de la Curia Arzobispal. Ordenado sacerdote en 1379 ejerció como párroco en la ciudad de Praga, simultaneando con el estudio del derecho eclesiástico en su Universidad. En 1382 el arzobispo lo envía a Padua donde se doctora en derecho canónico, llegando por fin a ser canónigo de la Catedral de San Vito en Praga. Fue entonces cuando ocurrió el suceso que dio pie para que el rey arremetiera contra él y para que se crease la “leyenda” en torno a su muerte.

En la abadía de Kladruby, al fallecer el abad, fue elegido uno para sustituirle, siendo confirmado por el Vicario General, que era Juan Nepomuceno, pero el rey quería suprimir esa abadía y crear una nueva sede episcopal que fuera regentada por un miembro de su Corte. Contrariado el rey trató de presionar al Vicario, quien al negarse, labró su propia condena. El rey mandó asesinarle y arrojar su cuerpo al río Moldava. Era el año de 1393. La leyenda se ha encargado de deformar los hechos, diciendo que el rey mandó asesinarle y arrojarle al río por no querer revelarle la confesión de su esposa, de la que el rey tenía celos.  El culto a San Juan Nepomuceno tomó desde los primeros tiempos una gran fuerza, porque el pueblo sentía por él una gran veneración.

El Papa Inocencio XIII declaró el 25 de junio de 1721 al mártir Juan Nepomuceno beato. El mismo Papa abrió el proceso para su canonización el 18 de julio de 1722 y el 27 de enero de 1725, una comisión presidida por el arzobispo de Praga, compuesta por dignidades eclesiásticas y civiles, profesores de medicina y cirujanos, examinaron la lengua que fue encontrada incorrupta, pero seca y de color gris. De pronto, en presencia de todos comenzó a esponjarse y a ponerse de color rosa, como si se tratara de una persona viva. Todos quedaron sobrecogidos. Esto contribuyó a reforzar más la leyenda del sigilo sacramental. Este milagro fue decisivo para su canonización por Benedicto XIII el 19 de marzo de 1729.

En Praga, en el puente sobre el río Moldava, llamado ahora el “Puente Carlos”, hay una estatua del santo en el punto desde donde le arrojaron al río.

Reflexión desde el contexto actual:

Con leyenda o sin leyenda, lo cierto es que San Juan Nepomuceno pagó con su vida el enfrentamiento al rey, quien no pudiendo soportar la humillación ordenó su asesinato.  Parece evidente que el sigilo sacramental de la confesión es una exigencia de todo punto necesaria para preservar la libertad interior de quienes se acerquen a recibir el sacramento del perdón. El tema ha vuelto a la actualidad con motivo del tema de la pederastia.  Tal como queda expresado en el Canon 983 del Derecho canónico el sigilo sacramental es inviolable, porque el penitente no se confiesa con quien administra este sacramento sino con Dios. El que está sentado en el confesonario es mero receptor, que una vez dada la absolución lo único que tiene que hacer es olvidar. El problema ha surgido porque este precepto canónico puede entrar en conflicto con la legislación civil vigente en algún país, como ha sucedido con “La Royal Commission australiana”. El sacerdote, que además de católico es un ciudadano ¿A qué ley queda obligado a seguir, a la civil o a la religiosa?  Es comprensible que el laicismo defienda que las leyes civiles están por encima de las leyes religiosas, pero esto no es asumible por la Iglesia Católica, aunque nunca faltan quienes se muestran más sensibles a las solicitudes civiles que a las religiosas