Una tercera diferencia básica entre el pensamiento  griego y el cristianismo reside en la concepción de la materia. La filosofía griega, aun admitiendo la eternidad del cosmos material, tiene una idea negativa y pesimista de la materia (hýle), que es concebida como principio del  mal y del desorden.

En los filósofos presocráticos, la materia constituye el principio o principios del cosmos (agua, tierra, aire, fuego o átomos). Platón la entiende como recipiente pasivo de las formas impresas por el demiurgo en los seres sensibles. Aristóteles la concibe como mera potencia (dýnamis) y como el ínfimo ser, cercano a la nada, en el neoplatonismo de Plotino. Éste la asimila metafóricamente a la oscuridad, en oposición a la luz del mundo inteligible.

La visión negativa de la materia implica también una concepción pesimista del cuerpo humano, que es material, frente al alma, que es sustancia inmaterial según Platón o forma sustancia del cuerpo en el hilemorfismo de Aristóteles.

En cambio, en el cristianismo la materia del mundo o del cuerpo humano es ontológicamente buena por ser querida por Dios en el acto de la creación. El dogma cristiano de la resurrección de los cuerpos (o de la carne) en la escatología final indica que éstos son valorados como buenos. Sin duda, los cuerpos son mortales, pero están destinados a resucitar, transformándose en cuerpos pneumáticos, a imitación del cuerpo glorioso de Cristo, según Pablo (1 Cor 15).

La valoración cristiana del cuerpo es común con el judaísmo primitivo, antes de recibir el influjo del dualismo griego en la época helenística. Para ese judaísmo antiguo todo es corpóreo y todo es bueno por ser obra del creador. Ese judaísmo atribuye cuerpo a los ángeles e incluso a Dios, aunque esa corporeidad sea muy sutil. La corporeidad de los ángeles será también defendida por algunos teólogos cristianos.

La bondad ontológica del cuerpo se manifiesta  de forma especial en el dogma de la encarnación del Verbo divino, que asume carne humana, lo que para el mesoplatónico  Celso resultaba ridículo y absurdo, como más tarde para el neoplatónico Porfirio, puesto que el Dios supremo no puede estar sujeto a mutación ni a pasiones antropomórficas, como muestran de forma abundante los textos bíblicos.

En cambio, la concepción negativa del cuerpo y de la materia pasará a los gnósticos, a los maniqueos y a aquellos autores cristianos influidos por las ideas gnósticas, que postulan el dualismo de carne/materia y espíritu.

En la tradición platónica, heredera del dualismo antropológico de los órficos y pitagóricos, el cuerpo es la cárcel del alma y ésta ha de liberarse de ella, retornando a su principio divino, después de la purificación en los ciclos de la reencarnación.

Pero para el cristianismo no se trata solo de la inmortalidad del alma, tesis de origen helénico, sino de que los cuerpos en la escatología final resucitarán, volviendo a unirse a sus respectivas almas para siempre, lo que se opone al dualismo gnóstico y maniqueo, que será seguido por las sectas heréticas de los cátaros y albigenses en el s. XII.

Para todos ellos la materia es mala y la idea de resurrección es sustituída por el ciclo de las reencarnaciones de la tradición griega.

La valoración cristiana del cuerpo se manifiesta igualmente a nivel de culto en la práctica de la inhumación frente a la cremación pagana y en la consideración del cementerio como el dormitorio de los difuntos, en espera de la resurrección (koimetérion= dormitorio en griego), de acuerdo con el artículo del Credo “espero la resurrección de los muertos”.

Aunque algunos de los primeros teólogos defendieron la idea griega de transmigración de las almas a otros cuerpos diferentes como medio de purificación, la doctrina ortodoxa impuso la resurrección de todos los muertos como dogma de fe en el concilio de Constantinopla I (381), así como en el posterior SímboloQuicumque y en otras declaraciones de posteriores concilios.

La purificación cristiana post mortem se trasladó al estado espiritual llamado purgatorio, donde las almas son purgadas por medio del fuego, antes del juicio final, estado que la teología católica denomina escatología intermedia, negada por los protestantes junto a la práctica corrupta de la venta de indulgencias para redimir las penas temporales de las almas del purgatorio.