En 1590, el mismísimo vicario general de la diócesis de Córdoba, José de Alderete, informó al Papa Sixto V del estado de las obras del templo, y de los riesgos de destrucción del más bello templo islámico de Occidente

"Hasta hoy todo el mundo sostiene que Carlos V le dio al obispo Manrique la autorización para la edificación del crucero. Yo creo que no. La monarquía le pidió al obispo que cambiara el proyecto para que el crucero fuera más pequeño", asegura Michele Lamprakos