En su autodefensa ante el tribunal Sócrates podía hacer una contrapropuesta de pena, pero defendió con total firmeza su propia inocencia, tratando de liberarse de todas las calumnias antiguas y actuales.

De forma irónica y aunque sonaba a arrogancia, propuso que lo único que merecía en justicia, al ser un hombre pobre, ya viejo y benefactor de la ciudad, era seralimentado de forma vitalicia en el Pritaneo (en toi pritaneioi siteîsthai), lo mismo que los héroes olímpicos, por el gran servicio prestado a la ciudad,  y afirma: "Yo estoy persuadido de que no hago daño a ningún hombre voluntariamente".

Su discurso, de tono altivo, provocó la indignación de una parte del jurado, de modo que en una segunda votación aumentó el número de votos negativos, resultando condenado a la pena capital. Probablemente los acusadores Meleto y Ánito esperaban que el acusado propusiese una pena alternativa inferior, como una multa, la cárcel o el destierro, pero Sócrates, para sorpresa de todos, se negó a aceptar ninguno de tales castigos, pues ello equivaldría a reconocer su culpabilidad.

No admite la multa alegando ser pobre y la aceptación del destierro a sus 70 años supondría que también sería rechazado por otras ciudades al continuar con su vida de diálogo filosófico con los jóvenes. Una única salida se hizo inevitable: la condena a beber la cicuta, pero él declara no temer la pena capital y prefiere la muerte al destierro.  En efecto, si hubiera aceptado el exilio para salvar su vida, habría desmentido con los hechos su propia doctrina ética, que exigía coherencia o conexión necesaria entre teoría y praxis.

Después sigue afirmando que "el mayor bien para un hombre es precisamente éste, tener conversaciones cada día acerca de la virtud y de los otros temas de los que vosotros me habéis oído dialogar cuando me examinaba a mí mismo y a otros, y si digo que una vida sin examen no tiene objeto vivirla para el hombre, me creeréis aún menos" (Apología 38 a). Si tuviera dinero, podría pagar una mina de plata, pero no es merecedor de ningún castigo.

En la última parte de la Apología Platón presenta unas reflexiones de Sócrates sobre la muerte, que algunos estudiosos consideran más bien platónicas y no correspondientes a los hechos reales. Sócrates, de forma hipotética, se dirige a los jueces que lo condenaron vaticinando que otros griegos los censurarán por la infamia de darle muerte por no haber recurrido a la desvergüenza de llantos y lamentos, conducta que él consideraba indigna.

No se arrepiente de la defensa hecha, pues "prefiero con mucho morir habiéndome defendido de este modo, a vivir habiéndolo hecho de ese otro modo" (Apología 38 e). Lo más difícil no es escapar de la muerte, sino escapar de la maldad. Además, el mayor daño moral es para el tribunal, por condenarlo de forma injusta. En efecto, sostiene que es mejor padecer injusticia que cometerla, contra lo que pensaban los sofistas  Gorgias, Calicles y Trasímaco, defensores del poder del más fuerte, de acuerdo con el derecho natural.

 A continuación dialoga con los jueces que lo absolvieron, explicando el significado de la forma de defenders que adoptó. En ningún momento se le opuso la señal del daimónion, por lo que piensa que obró bien. La muerte es algo semejante a dormir sin sensación o bien es un traslado de morada (dioíkesis) del alma a otro lugar, según se cree.

En ambos supuestos, cabe la esperanza de que sea un bien, incluso una admirable ganancia, pues en el segundo caso podría él seguir dialogando en el Hades con personajes célebres, examinando su sabiduría, y con los que sufrieron juicios injustos, si es verdad lo que se dice.

A ello añade su convicción sobre esta verdad: "que no existe mal alguno para el hombre bueno, ni cuando vive ni después de muerto". A los que le condenaron no les guarda rencor y les pide que reprochen a sus hijos si "se preocupan del dinero o de otra cosa cualquiera antes que de la virtud y si creen ser algo sin serlo", como él hacía con los atenienses.

En el diálogo Critón, éste trata inútilmente de persuadir a Sócrates de que salve su vida evadiéndose de la cárcel mediante soborno,  pero Sócrates se niega, pese a dejar viuda y tres hijos huérfanos, alegando que sería contrario a las leyes, que todo buen ciudadano debe cumplir.

Pasará los últimos días en la cárcel en compañía de sus discípulos más cercanos.