Desde su presencia inicial en América Latina el protestantismo enfrentó persecuciones y acusaciones de ir contra la idiosincrasia tradicional de los pueblos. En ocasiones los hostigamientos a los creyentes evangélicos fueron simbólicos, en otras padecieron golpizas, expulsiones y no pocos asesinatos. Sus acusadores señalaron su ajenidad a las tradiciones religiosas y culturales del Continente, al naturalizar el catolicismo y uncirlo al origen y destino de las naciones latinoamericanas.
Los pocos protestantes que fueron detectados en el Nuevo Mundo durantes los siglos XVI, XVII y XVIII enfrentaron juicios inquisitoriales, con las consecuentes penas que incluyeron castigos corporales, despojos de bienes y algunos fueron ejecutados. Para cuando en las primeras décadas del siglo XIX las naciones latinoamericanas forjaron su nuevo destino, ya sin las ataduras del dominio español, los misioneros protestantes y los primeros núcleos de creyentes evangélicos debieron lidiar con la incomprensión de su entorno y el arrinconamiento a que les sometió una cultura intolerante. Los ánimos persecutorios debieron ser enfrentados casi en el desamparo por parte de los puñados de protestantes, ya que las instituciones gubernamentales eran débiles para sujetar a los perseguidores y/o porque no se atrevían a confrontar al autoritarismo católico.