La primer vez que se enfrenta Quijote como caballero armado a elementos clericales o monásticos es en la aventura de los frailes benitos. Cierto que, simbólicamente, el lance puede tener otra explicación distinta a la que ya de por sí causa hilaridad. Pero eso es tomar el rábano por las hojas y forzar el entendimiento de la escena, escena que ya de por sí causaría la hilaridad de las gentes que en la primera edición la leyeron.

Puede entenderse que, ciertamente, los frailes, o sea, la Iglesia gobernante, tanto ayer como hoy tienen secuestrada la belleza que es la vida, que es Dulcinea, con su rigor de creencias y prácticas. Pero ni siquiera se le hubiera ocurrido tal interpretación al Santo Oficio que imprimió el nihil obstat para su edición.

Tampoco Cervantes trata con cariño al consejero espiritual de los duques en la contienda que con ellos tuvo Quijote; o en la aventura del cuerpo muerto, con los enlutados y sacerdotes acompañantes, a quienes apalea. En la aventura de los disciplinantes a quienes embiste es a los sacerdotes que van en procesión, bien que medio muerto lo dejan sus mozos acompañantes.

El cura Pedro Pérez no es tratado mal por Quijote, pero a él se debe la criba y escrutinio de libros y su quema, además de algunos adjetivos no muy elogiosos que le dedica.

Es curioso observar cómo Cervantes en alguna de sus obras muestra su vesania no tanto contra el clero secular sino contra el clero regular, un clero que destacaba por su ignorancia y fanatismo. Y no contra todos, sino especialmente contra los dominicos, a los que veladamente se refiere, encargados por el papa de regir el Santo Oficio, o sea, la Inquisición, salvando de sus diatribas a los jesuitas, de los que alaba su sistema de enseñanza en "El coloquio de los perros" y también su ejemplar vida moral («Yo he oído decir desa bendita gente que para repúblicos del mundo no los hay tan prudentes en todo él, y para guiadores y adalides del camino del cielo, pocos les llegan. Son espejos donde se mira la honestidad, la católica doctrina». Novelas ejemplares).

En paños menores y dando toda suerte de cabriolas encontramos a don Quijote en Sierra Morena ¡haciendo penitencia! ¿No parece esto una burla de tanto disciplinante, así como ascetas y místicos que pululan por todas partes del reino? A decir verdad, hay muchos relatos en el Quijote que parecen extraídos de forma paralela de la literatura mística y ascética que tanto proliferó en ese tiempo, a pesar de que el propósito primero parecen ser los de caballería.

Según dicen algunos esta animadversión velada contra el estamento clerical está justificada por el sentimiento que embargaba a Cervantes ante la situación en que vivía: por una parte verse postergado dentro del estamento literario, monopolizado por un "familiar" del Santo Oficio, Lope de Vega; por otra, y ya en la II Parte del Quijote, por la publicación del falso Quijote de Alonso Fernández de Avellaneda, que según parece responde al nombre real de Juan Blanco de Paz, fraile dominico, también "familiar" del Santo Oficio. Ya es sintomático que aparezcan en el pseudo Quijote II Parte alabanzas a los dominicos y tanto elogio a la práctica del "santo rosario". (Según otros, Avellaneda sería el también dominico Fray Andrés Pérez, autor supuesto de "La Pícara Justina").

En El Quijote, Juan Blanco de Paz vendría a ser aquel que por tres veces se enfrentó a él y al fin lo venció en las playas de Barcelona, el bachiller Sansón Carrasco, siempre opuesto a la locura de nuestro héroe.

Dice también Benjumea que el Quijote es un continuo alegato contra la Inquisición. Más rigor que la obra de Benjumea encontramos en el trabajo de Rodríguez Marín, "El Quijote y la Inquisición". Es cierto que hablar de la Inquisición en ese tiempo estaría poco menos que prohibido y ese mismo temor que ésta inspiraba, existe en El Quijote a la hora de hablar de ella. Con ser omnipresente en la vida social, sólo dos o tres referencias directas a la Inquisición encontramos, la una respecto al mono adivino en El Retablo de Maese Pedro y la otra en el pasaje de la cabeza encantada que tiene Antonio en Barcelona, aparte de prácticas en la condena de reos:

"...temiendo no llegase a los oídos de las despiertas centinelas de nuestra fe, habiendo declarado el caso a los señores inquisidores, le mandaron que lo deshiciese y no pasase más adelante, porque el vulgo ignorante no se escandalizase; pero en la opinión de don Quijote y de Sancho Panza la cabeza quedó por encantada y por respondona, más a satisfación de don Quijote, que de Sancho".

Para Benjumea todos los pasajes donde se encuentran adivinos o encantadores, que son destruidos o puestos en la picota, son referencia directa al Santo Oficio, omnipresente en tiempos de Cervantes por merced de cuantos "familiares" estaban a él adscritos, también en el mundo de las letras como Lope de Vega.

Ejemplo de ello, la referencia en I, 7 al encantador Frestón: «es un sabio encantador, grande enemigo mío, que me tiene ojeriza, porque sabe por sus artes y letras que tengo de venir, andando los tiempos, a pelear en singular batalla con un caballero a quien él favorece, y le tengo de vencer, sin que él lo pueda estorbar, y por esto procura hacerme todos los sinsabores que puede»

Asimismo el famoso escrutinio de la biblioteca del hidalgo Quijano realizado por el cura y el barbero, es una referencia no tan velada a las prácticas del Santo Oficio. O el encantamiento de Dulcinea, también obra de la magia, es referencia al celo inquisitorial.

Benjumea personifica el enfrentamiento de Cervantes con el Santo Oficio encarnados por personajes reales con quienes tuvo que bregar en su tiempo en varios pasajes: la aventura del cuerpo muerto; la procesión de sacerdotes enlutados; el acoso sistemático contra él de Sansón Carrasco; el Caballero de los Espejos, personificación de la unión entre Iglesia y los reyes, que vence y derrota a Quijote en Barcelona.

Referencia también al Santo Oficio, en forma de burla, es el que Sancho ponga sambenito y coroza a su asno al entrar "triunfal" en su pueblo. Personifican algunos, en este simpático dislate, al pueblo llano, un pueblo de asnos, que se deja esclavizar por los "poderes fácticos" sin siquiera alzar los ojos.

Asimismo es referencia a la Inquisición el pasaje de Altisidora, II, 49, cuando Sancho es embutido con ropajes condenatorios sin a él parecerlo, bien que el relato sólo refiere hechos, sin emitir juicios:

...llegándose a Sancho, le echó una ropa de bocací negro encima, toda pintada con llamas de fuego y, quitándole la caperuza, le puso en la cabeza una coroza, al modo de las que sacan los penitenciados por el Santo Oficio, y díjole al oído que no descosiese los labios porque le echarían una mordaza o le quitarían la vida.

No podemos olvidar que la vida de Cervantes se vio salpicada por dos excomuniones cuando llevaba a cabo su trabajo para equipar la Gran Armada. Dice Salvador Muñoz Alonso, sacerdote de ideario integrista y egregio cervantista, que eso no influyó en su ánimo para arremeter con sus escritos contra la santa Iglesia... Más bien podríamos decir lo contrario, que a nadie gusta verse condenado por el máximo poder de las Españas.