Tanto en el Nuevo como en el Antiguo Testamento con la palabra alma se significa originariamente aliento, principio de vida, sede de los pensamientos y sensaciones y a veces persona. Así, el alma de la persona sería como la expresión de la personalidad, donde se encuentran las emociones, el intelecto y la voluntad. Son los elementos que nos hacen humanos. Los pensamientos, los ideales, los sentimientos, el amor, el discernimiento, la decisión, la selección, etc. son experiencias del alma.
Una cosa es la personalidad del ser humano y otra el lugar donde se puede producir la comunicación con Dios en la persona. Esta comunicación se produce en el espíritu, que tiene tres funciones: conciencia, intuición y comunión: a) La conciencia es el órgano que discierne y distingue entre lo bueno y lo malo, sin que entre en juego la influencia del conocimiento; b) La intuición es el órgano de la sensación del espíritu humano que viene a nosotros sin ninguna ayuda de la mente, emoción o voluntad. Es decir, que llega a nosotros como una clarividencia; y , finalmente, c) La comunión o el encuentro-adoración con Dios, donde los órganos del alma son incompetentes para esto.
Así, la función de la Inteligencia Espiritual es favorecer mediante el silencio que se abra nuestro espíritu al encuentro con Dios.